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Objetivo Geral:

A disciplina tem por objetivo geral fornecer aos alunos embasamento teórico e prático para a utilização de dados moleculares em análises filogenéticas. Ao final da disciplina, os alunos deverão ser capazes de tomar decisões, de maneira crítica, sobre delineamento experimental, desenho amostral, análise de dados e interpretação de resultados obtidos.

Fundamentos de evolução molecular
Marcadores moleculares
Bases dos métodos de obtenção de dados de sequências nucleotídicas: extração de DNA e RNA, purificação de ácidos nucleicos, PCR (desenho de primers e otimização da reação), clonagem, sequenciamento (Sanger e nova geração)
Análise de cromatogramas
Bancos de dados de sequências (NCBI e BLAST)
Alinhamento de sequências
Análises preliminares: conteúdo nucleotídico, taxas de substituição, testes de saturação, seleção de modelos de substituição
Métodos e critérios para inferência/reconstrução de árvores filogenéticas: métodos baseados em matrizes de distâncias (fenética), máxima parcimônia, máxima verossimilhança, inferência Bayesiana
Análises de estimativa de tempo de divergência
Estatística de suporte de clados / Árvores gênicas x árvores de espécies / Utilização de dados
concatenados e estratégias de particionamento dos dados / Discussão sobre o uso de diferentes fontes de informação: conflitos e complementaridades
Filogenômica

Bibliografia Básica:

• FELSENSTEIN, J. 2004. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Sunderland
• HILLIS, D.M.; MORITZ C.; MABLE B.K. (eds.). 1996. Molecular Systematics (2a Ed.) Sinauer Associates, Sunderland.
• LEMEY, P., SALEMI, M.; VANDAMME, A.M. (eds.). 2009. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing (2a Ed.). Cambridge.
• AMORIM, D.S. 2002. Fundamentos de Sistemática Filogenética. Ribeirão Preto: Holos, Editora e Sociedade Brasileira de Entomologia
• YANG, Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution. Oxford University Press, New York
• MATIOLI, S.R. (ed.). 2001. Biologia Molecular e Evolução. Holos Editora, Ribeirão Preto, SP.