Nome da Atividade
MÉTODOS EM FILOGENIA MOLECULAR
CÓDIGO
09050133
Carga Horária
30 horas
Tipo de Atividade
DISCIPLINA
Periodicidade
Semestral
Modalidade
PRESENCIAL
Unidade responsável
CARGA HORÁRIA TEÓRICA
1
CARGA HORÁRIA PRÁTICA
1
FREQUÊNCIA APROVAÇÃO
75%
CARGA HORÁRIA OBRIGATÓRIA
2
CRÉDITOS
2
Ementa
A disciplina fornece uma visão geral das etapas envolvidas na obtenção e análise de sequências nucleotídicas para estudos de inferência filogenética. São fornecidas as bases teóricas e práticas relativas ao alinhamento de sequências de DNA, à seleção de modelos de substituição e à reconstrução de filogenias através de critérios baseados em matrizes de distância, máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência Bayesiana.
Objetivos
Objetivo Geral:
A disciplina tem por objetivo geral fornecer aos alunos embasamento teórico e prático para a utilização de dados moleculares em análises filogenéticas. Ao final da disciplina, os alunos deverão ser capazes de tomar decisões, de maneira crítica, sobre delineamento experimental, desenho amostral, análise de dados e interpretação de resultados obtidos.Conteúdo Programático
Fundamentos de evolução molecular
Marcadores moleculares
Bases dos métodos de obtenção de dados de sequências nucleotídicas: extração de DNA e RNA, purificação de ácidos nucleicos, PCR (desenho de primers e otimização da reação), clonagem, sequenciamento (Sanger e nova geração)
Análise de cromatogramas
Bancos de dados de sequências (NCBI e BLAST)
Alinhamento de sequências
Análises preliminares: conteúdo nucleotídico, taxas de substituição, testes de saturação, seleção de modelos de substituição
Métodos e critérios para inferência/reconstrução de árvores filogenéticas: métodos baseados em matrizes de distâncias (fenética), máxima parcimônia, máxima verossimilhança, inferência Bayesiana
Análises de estimativa de tempo de divergência
Estatística de suporte de clados / Árvores gênicas x árvores de espécies / Utilização de dados
concatenados e estratégias de particionamento dos dados / Discussão sobre o uso de diferentes fontes de informação: conflitos e complementaridades
Filogenômica
Marcadores moleculares
Bases dos métodos de obtenção de dados de sequências nucleotídicas: extração de DNA e RNA, purificação de ácidos nucleicos, PCR (desenho de primers e otimização da reação), clonagem, sequenciamento (Sanger e nova geração)
Análise de cromatogramas
Bancos de dados de sequências (NCBI e BLAST)
Alinhamento de sequências
Análises preliminares: conteúdo nucleotídico, taxas de substituição, testes de saturação, seleção de modelos de substituição
Métodos e critérios para inferência/reconstrução de árvores filogenéticas: métodos baseados em matrizes de distâncias (fenética), máxima parcimônia, máxima verossimilhança, inferência Bayesiana
Análises de estimativa de tempo de divergência
Estatística de suporte de clados / Árvores gênicas x árvores de espécies / Utilização de dados
concatenados e estratégias de particionamento dos dados / Discussão sobre o uso de diferentes fontes de informação: conflitos e complementaridades
Filogenômica
Bibliografia
Bibliografia Básica:
Disciplinas Equivalentes
| Disciplina | Curso |
|---|---|
| MÉTODOS EM FILOGENIA MOLECULAR | Biodiversidade Animal (Mestrado acadêmico) |