Métodos em Filogenia Molecular

Nome da Atividade

CÓDIGO

0050113

Carga Horária

34 horas

Tipo de Atividade

DISCIPLINA

Periodicidade

Semestral

Modalidade

PRESENCIAL

Unidade responsável

Departamento de Ecologia, Zoologia e Genética

CARGA HORÁRIA PRÁTICA

CARGA HORÁRIA TEÓRICA

CRÉDITOS

FREQUÊNCIA APROVAÇÃO

75%

Ementa

Fundamentos de evolução molecular; Marcadores moleculares; Bases dos métodos de obtenção de dados de sequências nucleotídicas: extração de DNA e RNA, purificação de ácidos nucleicos, PCR (desenho de primers e otimização da reação), clonagem, sequenciamento (Sanger e nova geração); análise de cromatogramas; Bancos de dados de sequências (NCBI e BLAST); Alinhamento de sequências; Análises preliminares: conteúdo nucleotídico, taxas de substituição, testes de saturação, seleção de modelos de substituição; Métodos e critérios para inferência/reconstrução de árvores filogenéticas: métodos baseados em matrizes de distâncias (fenética), máxima-parcimônia, máxima-verossimilhança, inferência Bayesiana; Estatística de suporte de clados; Árvores gênicas x árvores de espécies; Utilização de dados concatenados e estratégias de particionamento dos dados; Análises de estimativa de tempo de divergência; Filogenômica; Discussão sobre o uso de diferentes fontes de informação: conflitos e complementaridades.

Objetivos

Objetivo Geral:

A disciplina tem por objetivo geral fornecer aos alunos embasamento teórico e prático para a utilização de dados moleculares em análises filogenéticas. Ao final da disciplina, os alunos deverão ser capazes de tomar decisões, de maneira crítica, sobre delineamento experimental, desenho amostral, análise de dados e interpretação de resultados obtidos.

Conteúdo Programático

Bibliografia

Bibliografia Básica:

Felsenstein, J. 2004. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Sunderland.
Hillis, D.M.; Moritz C.; Mable B.K. (eds.). 1996. Molecular Systematics (2a Ed.) Sinauer Associates, Sunderland.
Amorim, D.S. 2002. Fundamentos de Sistemática Filogenética. Ribeirão Preto: Holos, Editora e Sociedade Brasileira de Entomologia.
Yang, Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution. Oxford University Press, New York.
Matioli, S.R. (ed.). 2001. Biologia Molecular e Evolução. Holos Editora, Ribeirão Preto, SP.