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Logo nos primeiros dias da pandemia de Covid-19 no Brasil em março de 2020, um grupo de epidemiologistas, liderado pela Universidade Federal de Pelotas, sede de um dos mais conceituados centros de epidemiologia do país, reuniu-se para discutir as possíveis contribuições que poderia dar ao povo brasileiro naquele momento de emergência sanitária. O grupo incluía alguns dos pesquisadores mais experientes do Brasil na condução de estudos epidemiológicos de base populacional. Houve consenso de que, naquele momento, dados de base populacional sobre a magnitude e velocidade de disseminação da Covid-19 no Brasil, seus sintomas e fatores associados eram essenciais para o melhor enfrentamento da pandemia no Brasil.
A proposta foi apresentada inicialmente ao Governo Estado do Rio Grande do Sul e foi imediatamente posta em prática. Entre abril de 2020 e abril de 2021, foram conduzidas dez rodadas de um estudo de base populacional cobrindo as nove regiões intermediárias do Rio Grande do Sul. Os resultados foram publicados em alguns dos principais periódicos científicos nacionais e internacionais, sendo utilizados por estados e municípios brasileiros na definição de políticas de enfrentamento da pandemia de COVID-19.
Em março de 2020, com a aproximação da primeira rodada do estudo gaúcho, houve contato entre a Secretária de Atenção Primária à Saúde (SAPS) do Ministério da Saúde e a coordenação do EPICOVID-19 para a ampliação do estudo para todo o território nacional. Num espaço de semanas, a metodologia foi adaptada, o financiamento foi obtido, e as coletas de dados foram iniciadas. No estudo nacional, cada rodada incluiu 133 cidades, representando todos os estados da Federação, com amostra incluindo 33.250 domicílios. Assim como na etapa conduzida no Rio Grande do Sul, a pesquisa nacional teve seus resultados publicados nos maiores periódicos científicos nacionais e internacionais, e seus resultados foram utilizados por estados e municípios brasileiros na definição de políticas de enfrentamento da pandemia, e serviram como base para outros estudos realizados ao redor do mundo.
A partir de junho de 2020, após sucessivas reformulações ocorridas no Ministério da Saúde, o EPICOVID-19 perdeu espaço na agenda de prioridades da pasta. Em episódio amplamente relatado, o slide que denunciava as abismais desigualdades étnico-raciais na distribuição da infecção por SARS-CoV-2 no Brasil foi censurado da coletiva de imprensa de divulgação dos resultados do EPICOVID-19, ocorrida no Palácio do Planalto. Semana depois, os pesquisadores ficaram sabendo, pela mídia, que o financiamento do EPICOVID-19 não seria renovado pelo Ministério da Saúde. Outras fontes de financiamento foram buscadas, possibilitando que mais duas rodadas do EPICOVID-19 nacional fossem realizadas, sendo a última no primeiro trimestre de 2021.
No início de 2023, a combinação de três fatores fez com que o grupo original de epidemiologistas vinculados ao EPICOVID-19, ampliado para incluir outros pesquisadores que se destacaram durante a pandemia de Covid-19, propusesse a realização do EPICOVID 2.0: (a) o início da gestão de um novo governo federal, alinhado à ciência; (b) a nova gestão escolhida para o Ministério da Saúde, que inclui alguns dos principais gestores, pesquisadores e trabalhadores da saúde pública brasileira; (c) a manutenção do status de emergência internacional decorrente da COVID-19.

Um inquérito de base populacional será realizado em municípios sentinela, utilizando um protocolo similar que já foi aplicado no inquérito EPICOVID-19-BR, conduzido entre 2019 e 2021. Em cada um dos 26 estados do Brasil, bem como no Distrito Federal, serão estudadas as áreas urbanas dos maiores municípios de cada região intermediária conforme definido pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE). A utilização dos municípios sentinela visa simplificar a logística da pesquisa e agilizar o processo de coleta de dados. O inquérito será realizado em 2023, ao longo de três meses (junho até agosto).
O processo de amostragem será realizado em múltiplos estágios a partir de uma amostra probabilística. Em cada um dos 133 municípios sentinela, 25 setores censitários serão selecionados com probabilidade proporcional ao tamanho populacional. A ordem de seleção dos setores dentro de cada sentinela seguirá aquela definida pelo IBGE, que começa em áreas centrais dos municípios, se expandindo em direção à periferia dos municípios e aos distritos vizinhos. O mapa de cada setor censitário será utilizado para realizar uma amostragem aleatória do ponto de partida dentro de cada setor. A partir do ponto de partida, um novo domicílio será selecionado utilizando um pulo de 10 domicílios. Dentro de cada domicílio, todos seus residentes serão listados, juntamente com informações sobre sua idade e sexo. Um dos residentes do domicílio será aleatoriamente selecionado para responder ao questionário. Caso o residente selecionado se recuse a responder o questionário, um segundo residente será aleatoriamente selecionado. Caso uma segunda recusa aconteça neste domicílio, a entrevista será finalizada e o domicílio adjacente àquele selecionado originalmente será convidado a participar. Todas as informações sobre recusas ou ausência dos residentes no domicílio selecionado serão registradas a fim de estimar a taxa de não resposta.
O tamanho de amostra do estudo completo e em cada município foi definido a fim de garantir a precisão das estimativas de interesse. O estudo completo vai contar com 33.250 participantes.
Os indivíduos que aceitarem participar da pesquisa responderão a um questionário face-a-face aplicado por entrevistador(a) treinado(a), o qual foi dividido em cinco blocos, conforme segue:
1) Bloco geral: aqui serão listados todos os moradores do domicílio a fim de realizar o sorteio do participante do inquérito. Questões específicas sobre o chefe do domicílio e o participante sorteado serão investigadas, como suas escolaridades, idades, cor da pele e sexo. Por fim, serão investigadas a existência de alguns bens no domicílio a fim de estimar o poder de consumo da família.
2) Bloco de sintomas e infecções prévias: aqui serão investigados sintomas que o participante possa ter sentido nos últimos 3 meses, bem como questões relacionadas a infecções prévias por COVID-19. Para cada infecção prévia, o método diagnóstico, os sintomas, o uso de medicamentos e a internação do participante serão investigados.
3) Bloco sobre impactos da COVID-19: aqui serão investigados alguns impactos que a pandemia e a própria COVID-19 tenham causado na vida do participante. Questões relacionadas à morte de parentes, perdas financeiras e de escolaridade, insegurança alimentar, mudanças de peso e comportamento, diagnóstico de doenças, saúde mental, fontes de informação e uso de máscara durante a pandemia.
4) Bloco de vacinação: aqui serão realizadas perguntas sobre vacinação contra a gripe e contra a COVID-19, incluindo o número de doses e o nome da vacina que foi aplicada. Para as crianças do domicílio, serão investigadas todas as demais vacinas através de uma foto tirada do cartão de vacinação e de uma série de perguntas sobre o assunto, incluindo questões de acesso, aceitabilidade e barreiras para vacinar.

- Estimar o número médio de infecções prévias por COVID-19
- Calcular a prevalência de 22 sintomas pós-COVID-19
- Estimar a prevalência de necessidade de hospitalização em virtude de infecções prévias por COVID-19
- Dimensionar impactos causados pela pandemia de COVID-19, incluindo indicadores de perda financeira, impactos na escolaridade, insegurança alimentar e aspectos comportamentais
- Estimar a prevalência de vacinação contra COVID-19
- Medir a quantidade de crianças de 12-24 meses com atraso no esquema vacinal

Com relação aos indicadores descritos acima, são esperados os seguintes resultados:
- O número médio de infecções será superior a 1
- Os sintomas pós-COVID-19 mais prevalentes serão falta de ar e cansaço
- A prevalência de necessidade de hospitalização em virtude da COVID-19 será inferior a 10%
- Os impactos mais prevalentes em virtude da pandemia de COVID-19 serão perda financeira, de escolaridade e na prática de atividade física
- A prevalência de vacinação com duas doses da vacina contra COVID-19 será superior a 80%, porém de terceira dose deve girar em torno de 50%
- Menos da metade das crianças estará com o esquema vacinal em dia