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Na década de 1960, tiveram início as atividades na Área de Sementes da Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel (FAEM), da Universidade Federal de Pelotas (UFPel). Na oportunidade, com oferecimento de cursos de curta duração voltados à Produção e a Tecnologia de Sementes. 
A iniciativa foi decorrente do resultado da qualificação, no exterior, de professores, ocorrendo inicialmente, na Universidade da Califórnia (UCDAVIS), com ênfase em sementes de hortaliças e posteriormente, na Universidade do Mississipi (Mississippi State University - MSU)  contemplando prioritariamente fisiologia, produção e tecnologia pós colheita de sementes. O retorno dos professores do exterior, com nível de Mestrado, especialmente na MSU, possibilitou que ações referentes aos cursos na área de sementes fossem incrementadas, sendo estes específicos e relativos a diversos cultivos de espécies produtoras de sementes. Tais atividades, resultaram no ano 1974, na criação do Curso de Mestrado em Ciência e Tecnologia de Sementes.
No ano de 1985, visando aumentar a inserção e difusão no setor produtivo, na área de sementes, a Universidade Federal de Pelotas (UFPel) em convênio com a Associação Brasileira de Educação Agrícola Superior (ABEAS), criou o Curso de Especialização em Ciência e Tecnologia de Sementes. A criação deste curso resultou na inovação em termos de ensino, ao ser ofertado na modalidade tutoria à distância. O formato no qual o Curso passou a ser ministrado, inovador para a época, propiciou a capacitação de profissionais que atuam diretamente na produção e tecnologia de sementes, sem a necessidade de afastamento do profissional do seu local de trabalho, por dilatados períodos de tempo. 
Em seguida o Curso de especialização por tutoria a distância, devido a demanda na área em outros países, passou também a ser ofertado a países da América Latina dos quais destacam-se, a Bolívia (convênio com o Programa Nacional de Semillas da Bolívia), Uruguai (convênio com a Associação Nacional de Produtores de Sementes - ANAPROSE) e Paraguai (convênio com a Associação dos Produtores de Sementes do Paraguai - APROSEMP).
No ano de 1991, a Área de Sementes da Universidade Federal de Pelotas, idealizou e passou a ofertar o Curso de Doutorado, visando o oferecimento do maior título acadêmico na área. O Curso de Doutorado em Ciência e Tecnologia de sementes, foi o primeiro da Universidade Federal de Pelotas, constituindo-se no marco inicial de mudanças substanciais no conhecimento e na pesquisa científica na Instituição. Destes, foram brasileiros e os demais provenientes da Argentina, Bolívia, Colômbia, México, Paraguai, Costa Rica, Uruguai, etc. 
Ao longo dos anos, o Programa, estabeleceu convênios e acordos de cooperação com instituições Nacionais e Internacionais. Além disso, atuou e atua em associações científicas Nacionais e Internacionais, participação continuada em eventos científicos e a inserção profunda e protagonista no setor produtivo, pelo oferecimento de vários cursos de curta duração, pela apresentação de palestras, realização de consultorias para empresas e comunicação com a imprensa escrita, falada e televisiva. Sem dúvida, tais ações ampliaram de forma significativa a participação dos professores do Programa em todos os elos da cadeia produtiva do agronegócio.
O empenho e a dedicação dos membros do Programa de Pós Graduação em Ciência e Tecnologia de Sementes visando à consolidação como centro de referência na área de Sementes, em termos de formação de pessoal, tem se constituído em incentivo ao Programa para o avanço da posição de destaque na pesquisa científica e tecnológica em sementes. 
É importante salientar que os discentes egressos do Programa vêm exercendo atividades nas mais diversas Instituições de Pesquisa no país e no exterior (EMBRAPA, EPAGRI, EPABA, COODETEC, FEPAGRO, IRGA, MAG ...), Órgãos Públicos (Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, Secretarias de Agricultura ...), Associações de Produtores (APROSESC, ABRASS, APROSMAT, APASSUL, APASEM, APROSEMBA, APROSEMP...), Cooperativas (Cotrijal, Coagrisol, Coagrisoja, COAMO, COOPAVEL, COOPERCAMPOS, CooperAlfa, COOPERBOA, C.Vale, LAR, etc.) e Empresas Produtoras de Sementes de todas as Regiões Brasileiras (Oilema, Sementes Van Ass, Sementes Petrovina, Sementes Bom Jesus, Sementes Fabris Hulk, Grandespe, Sementes Costa Beber, Sementes JotaBasso, Sementes Roos, Sementes Unigel, Sementes Falcão, Sementes Cereal Ouro, Syngenta Seeds, Bayer Seeds, Sementes Lagoa Bonita, dentre tantas outras), Bayer, Monsanto, Syngenta, Dow, Basf . Atuam também como docentes em universidades públicas (UFRGS, IF) e privadas.
O Programa na busca de inovar e contribuir com os profissionais da área de sementes criou, em 2001 o Mestrado Profissional. O Mestrado Profissional em Ciência e Tecnologia de Sementes visa a formação de profissional na área de sementes com conhecimento consistente não só em tecnologia, mas também em pesquisa científica, capaz de utilizar, convenientemente, os meios de divulgação de resultados de pesquisa, interpretar e selecionar as informações relevantes e, finalmente adequar, aplicar e explorar novos conhecimentos, de maneira a serem incorporados ao setor produtivo e, dessa forma colaborar de maneira decisiva para o fortalecimento do setor do agronegócio sementes e pela utilização de novas tecnologias, alcançar-se uma agricultura mais produtiva economicamente viável, de modo a assegurar melhor a qualidade de vida à população. 
O Programa visa, essencialmente, a capacitação na área tecnológica para que os profissionais formados possam atuar, par e passo, com o que há de mais avançado na área, nos assuntos vinculados à tecnologia da produção, sem esquecer os aspectos científicos do conhecimento moderno que estão vinculados. 
Um fato a ser destacado vem sendo o desenvolvimento de tecnologias e processos baseados nas  dissertações de mestrado que geram tecnologias que estão sendo adotadas por empresas de semente e órgãos públicos com reflexos positivos sobre o uso de sementes certificadas, adoção de novas tecnologias para elevação da produtividade e incorporação de processos e estratégias que favorecem o comércio de sementes, bem como incrementam a renda dos produtores. 
É importante ressaltar a procura frequente das empresas por egressos ou discentes em fase final do curso para atuação nas áreas de produção, gestão, qualidade, pós colheita e coordenação; levando em conta a sólida formação proporcionada pelo Programa associada à realidade do agronegócio.
Vale ressaltar que o agronegócio no Brasil tem sido de importância vital para a economia nacional, pelo fato de ser gerador de empregos e divisas.
O corpo docente desse programa conta com profissionais atuantes na área de sementes sendo que os mais novos estão sendo encorajados a remodelar o programa e garantir o pioneirismo do mesmo. Todos possuem formação na área e alguns com doutorados ou estágios no exterior. Para o processo de internacionalização se solidifique há possibilidade de alguns realizarem pós-doutorados ou cursos no exterior.