Nome do Projeto
Modelagem molecular aplicada à Matéria Mole: fluidos, nanomateriais e moléculas biológicas
Ênfase
Pesquisa
Data inicial - Data final
01/08/2020 - 31/08/2028
Unidade de Origem
Coordenador Atual
Área CNPq
Ciências Exatas e da Terra
Resumo
Os fenômenos de difusão e estruturação em sistemas complexos estão intimamente conectados. Principalmente na escala nanométrica, a estrutura assumida pelo fluido possui um papel fundamental nas propriedades difusivas. Compreender a nanofluı́dica e estas relações ainda é um desafio em aberto, pois o comportamento de fluidos nanoconfinados e em interfaces difere do esperado e observado no bulk. Das inúmeras aplicações tecnológicas decorrentes deste maior entendimento, pode-se ressaltar a captura e estocagem de gases poluentes, filtros altamente seletivos e dessanilização e purificação da água. Igualmente, o entendimento da agregação e cristalização de partı́culas nanométricas para a formação de macroestruturas é essencial para novas tecnologias. As estruturas montadas a partir deste Lego Molecular possuem aplicações em várias áreas da medicina, engenharia e indústria, e o controle da montagem é um desafio que se impõe. Ainda, a difusão e agregação em meios complexos é essencial para entendermos processos a nı́vel celular em sistemas biológicos, como o movimento das organelas e macromoléculas dentro e fora das células ou mesmo a difusão de células cancerı́genas no meio extra-celular. Desta forma, este projeto busca compreender processos a nı́vel nanométrico e micrométrico que envolvam uma relação direta entre a estrutura do sistema complexo e suas propriedades dinâmicas. Para tal, iremos utilizar uma abordagem baseada em modelagem molecular e um contato direto com experimentais, buscando não somente a compreensão dos processos básicos mas também propôr aplicações tecnológicas baseadas em nossos resultados.

Objetivo Geral

O objetivo geral do projeto é ampliar o entendimento de problemas de Física da Matéria Mole. Podemos elencar os principais sistemas que estamos interessados em estudar:
1. Realizar um estudo sistemático em dinâmica molecular das propriedades de fluidos confinados em diferentes nanoestruturas com distintas polaridades. Foco em aplicações
para remocão de poluentes de água, incluindo metais pesados, agrotóxicos e hormônios, e captura de gases e vapor de água da atmosfera.
2. Compreender as propriedades de nanoporos funcionalizados, suas potenciais aplicações e como estes influenciam a difusão e estrutura dos fluidos.
3. Caracterizar as rotas de agregação de nanopartı́culas, colóides e surfactantes através de modelagem molecular.
4. Propor a construção de mesoestruturas a partir de moléculas e nanopartı́culas – Lego Molecular.
5. Relacionar as propriedades difusivas de células com as propriedades do meio complexo.
6. Estudar os efeitos coletivos da difusão de um grande número de partı́culas em um meio complexos.

Justificativa

Existem diversos problemas da chamada matéria condensada mole, que se encaixa na interface entre Física, Química e Biologia, que ainda não possuem total compreensão pela comunidade acadêmica. De forma geral, este projeto envolve a modelagem molecular de sistemas onde existe uma correlação forte entre dinâmica e estruturação. Na interface entre fı́sica e quı́mica este projeto visa estudar as propriedades de adsorção e filtragem de nanomateriais, com enfoque na purificação de água e ar. Também a produção de nanomateriais através do self-assembly de blocos quı́micos moleculares, como nanopartı́culas, polı́meros e surfactantes, será objeto de pesquisa. Estes dois assuntos estão intimamente ligados, com as propriedades dos nanomateriais afetando o comportamento dos fluidos nanoconfinados em seu interior. Também serão pesquisados sistemas na interface entre fı́sica e biologia. Os processos difusivos nestes sistemas fogem do usual, devido à complexidade do meio, ao confinamento imposto, aos obstáculos existentes e diversos gradientes fı́sicos e bioquı́micos que existem nos seres vivos. Neste sentido, compreender como ocorre a difusão em meios complexos será outro objetivo deste projeto de pesquisa.

Metodologia

O ferramental simulacional apresentado abaixo permite o estudo de sistemas no equilı́brio e fora do equilı́brio. Iremos realizar simulações de sistemas coarse-grained e de modelos atomı́sticos, de acordo com os trabalhos prévios do grupo.
A. Dinâmica molecular
A dinâmica molecular (DM) é um método que nos permite calcular propriedades de um determinado sistema a partir das posições e energia de interação entre partı́culas. A evolução temporal do sistema se dá por meio da integração numérica das equações do movimento das partı́culas, onde a força de interação é obtida pela derivação do potencial interpartı́cula. As propriedades dinâmicas e termodinâmicas dos sistemas estudados serão obtidas nos ensembles N V T e μV T . No primeiro caso, voltado para a análise de sistemas em equilı́brio, serão usados diferentes termostatos. O termostato de Langevin é o mais indicado para modelar nanopartı́culas, colóides e moléculas em solução aquosa, pois descreve as colisões
entre soluto e solvente e efeitos de viscosidade. Por outro lado, termostatos como Nosè-Hoover e Berendsen são indicados para sistemas lı́quidos puros, como água sem soluto. O ensemble μV T é obtido utilizando-se o método da Dinâmica Molecular Grande Canônica com Dois Volumes de Controle (DCV-GCMD). Nesta técnica definimos regiões da caixa de simulação, os volumes de controle, onde o potencial quı́mico e, consequentemente, a densidade, são controlados através de uma mistura de passos de DM N V T e Monte Carlo Grande Canônico (GCMC). Com isto, podemos gerar gradientes de densidade a fim de estudar escoamentos em sistemas fora do equilı́bro.
B. Monte Carlo
O método de Monte Carlo é uma técnica de simulação por amostragem estatı́stica. As propriedades do sistema são obtidas a partir das posições das partı́culas e da energia de interação entre elas, do mesmo modo como feito no método de DM. Contudo, a evolução temporal do sistema não se dá por dinâmica – no sentido de movimento – e sim por tentativas de se obterem configurações do sistema com menor estado de energia. Desse modo, o ”deslocamento” de partı́culas não precisa obedecer a nenhuma lei de movimento, podendo desaparecerem e aparecerem onde for mais conveniente energeticamente. Principalmente, utilizaremos o Metrópolis Monte Carlo (MMC), que simula um sistema no ensemble N V T ,
e o GCMC, que modela um sistema no ensemble μV T.

C. Dissipative Particle Dynamics (DPD)
A técnica de Dissipative Particle Dynamics (DPD) é baseada na dinâmica de partı́culas interagindo sob efeito de foras conservativas, dissipativas e randômicas [171]. Esta dinâmica, produzida por estas forças, constitui um modelo coarse-grained particular do DM, cujas partı́culas representam um cluster de moléculas interagindo [172]. Esta interação é escrita através da segunda lei de Newton, cuja resultante sobre a i-ésima partículaé dada pela soma de três termos: um termo conservativo, um dissipativo e um randômico.


Indicadores, Metas e Resultados

A meta principal é compreender sistemas de matéria mole tanto de um viés de Ciência Básica, compreendendo os processos essenciais para compreender o sistema de interesse, quando de Ciência Aplicada, utilizando os resultados básicos para s busca de novas tecnologias. Isso pode ser observado no histórico do proponente do projeto, que possui trabalhos que vão da Fìsica Básica à Aplicada.Ainda, o proponente é Bolsista de Produtividade do CNPq, tendo assim um bom índice de publicações em periódicos renomados da área, além de orientador diversos alunos de Iniciação Científica e Pós-Graduação. Ao final do projeto espera-se aumentar o conhecimento sobre sistemas onde estrutura e difusão estão intrisicamente relacionados. Isso, logicamente, irá acarretar em uma continuação do fluxo de produção científica, orientação de alunos e visa-se também propôr patentes.

Equipe do Projeto

NomeCH SemanalData inicialData final
ALENILSON SANTOS MARQUES
ALEXANDRE VARGAS ILHA
ALEXANDRE VARGAS ILHA
ALEXSANDRA PEREIRA DOS SANTOS
CAROLINA MÜLLER CARDOSO
DANIEL SOUZA CARDOSO
DAVI FELIPE KRAY SILVA
DÉBORA PIÉGAS PAVANI
EDUARDO HENRIQUE MOSSMANN
FÁBIO LUNELLI DA SILVA BRUM
JOSÉ RAFAEL BORDIN28
LUCAS AVILA PINHEIRO
MARCOS ALEXANDRE BRITO NOLASCO
Milena Costa Guidotti
Patrick Ruam Bredow Côrtes
RAFAEL DA CUNHA MEIRELES
Rafael Gustavo Rossatto
Rosiane Carneiro da Rosa
THIAGO PUCCINELLI ORLANDI NOGUEIRA
VINICIUS FONSECA HERNANDES
Walas da Silva Oliveira
Wanderson Souza Araújo

Fontes Financiadoras

Sigla / NomeValorAdministrador
CNPq / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoR$ 39.600,00Coordenador
CNPq / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoR$ 8.000,00Coordenador

Plano de Aplicação de Despesas

DescriçãoValor
BolsasR$ 39.600,00
Equipamentos e material permanente (móveis, máquinas, livros, aparelhos etc.)R$ 8.000,00

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