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A importância de Pelotas enquanto objeto de pesquisas no campo historiográfico pode ser comprovada pela existência de grande número de importantes trabalhos realizados e publicados ou em andamento que trata de temas tais como escravidão, elite charqueadora, imigração, produzidos por diversas áreas de conhecimento como Antropologia, Geografia, Arquitetura e Urbanismo.
Parte expressiva dos documentos históricos que geram estas pesquisas encontram-se em acervos localizados nos núcleos de pesquisa da UFPEL e são constituídos e organizados pelos próprios pesquisadores, na falta de um Arquivo Municipal ou de condições de ampliação dos arquivos nas instituições já existentes tais como o Instituto Histórico e Geográfico de Pelotas e Biblioteca Pública
Pelotense. Estes arquivos guardam a história e a memória das comunidades pertencentes à Pelotas.
O Núcleo de Pesquisa em História Regional iniciou suas atividades como um grupo de pesquisas, formado por historiadores voltados para a preservação da História Local tanto na forma de produção de trabalhos de pesquisa como na forma da constituição de Arquivos Históricos. Dois Fundos Documentais compõem o Acervo Ayala, que pertence ao NPHR: o Fundo Documental Ayala, doado em 2014 e o Fundo de o Arquivo Notarial de Livro de Notas de Testamentos (1864 - 1966) e Livros de Notas de Inventários (1894 - 1959), do Município de Pelotas e um acervo de livros e revistas de História. Outro acervo foco deste projeto é a Unidade de Arquivo da UFPel, organizada pelo Núcleo de Documentação e Arquivo da Pró-Reitoria Administrativa. O núcleo é encarregado da operacionalização das políticas de arquivo, da gestão documental, pela normalização dos procedimentos técnicos aplicados aos arquivos setoriais da instituição e da custódia dos documentos em fase intermediária e permanente.
A atuação do Historiador nos arquivos históricos tem sido amplamente debatida, num movimento importante de profissionalização da atuação deste profissional. Recentemente, em 17 de agosto de 2020, a profissão foi regulamentada por lei. O Curso de Bacharelado em História da UFPEL tem como objetivo para a formação do seu egresso preparar historiadores capazes de atuar em arquivos, museus e outras instituições culturais. A organização dos acervos da Universidade é uma oportunidade para os bacharelandos realizarem atividades práticas e estágios na sua área de atuação profissional.

A organização dos acervos necessariamente passa pelas etapas de Planejamento, Execução (Higienização, Acondicionamento, Descrição e Divulgação) e Avaliação.
Planejamento: integração e definição de estratégias com o Grupo de Trabalho do Projeto; diagnóstico técnico do Acervo; apresentação do Projeto aos Docentes e Discentes que colaboram no NPHR.
Execução: - Higienização: a higienização é importante para a conservação do material, pois “a sujidade é o agente de deterioração que mais afeta os documentos” (CASSARES, 2000). A higienização deve ser um procedimento de rotina. A higienização de documentos é feita com pincéis, para retirar a sujeira. Também é necessário remover clipes e grampos de metal que danificam os documentos. Como o acervo é composto por livros, a higienização do revestimento e da parte interna dos livros é diferente. As páginas devem ser limpas uma a uma, com pincel. A encadernação pode ser limpa com pincel ou flanela, dependendo do estado do material. - Acondicionamento: higienização e acondicionamento são duas etapas complementares no trabalho de preservação dos documentos. O acondicionamento objetiva, por um lado proteger o documento da ação do tempo para, por outro lado, facilitar o manuseio, que é a ação essencial de todo o arquivo que insere o documento no tempo. Por se tratar de livros de registro, o acondicionamento prevê a elaboração de embalagens personalizadas que serão, posteriormente depositadas em estantes de aço. - Descrição: é a etapa de organização de guias para a consulta dos documentos do arquivo. É a etapa mais demorada, no caso deste acervo, e será acompanhada da técnica de leitura paleográfica do material. Paleografia é, basicamente, o estudo de textos manuscritos, com o objetivo de compreender o conteúdo dos documentos. - Divulgação: participação em eventos e Publicação, que ocorrerão durante a execução do projeto, sendo a participação na Semana Integrada de Ensino, Pesquisa e Extensão da UFPEL e a publicação dos resultados finais do projeto, obrigatórias. Esta etapa compreende também sistematizar a avaliação do projeto, realizada parcialmente em todas as etapas anteriores.Para este Projeto serão utilizados procedimentos básicos para preservação de documentos, como sua limpeza individual e acondicionamento em suportes e localização adequados. Ao final, se pretende digitalizar uma parte do acervo.

Tornar o arquivo acessível aos discentes das disciplinas práticas do curso de bacharelado em história, aos pesquisadores e à comunidade em geral.
Aproximar a comunidade escolar ou demais interessados do trabalho realizado na organização dos arquivos da UFPEL.
Oportunizar desenvolver conhecimento crítico acerca da história local bem como desenvolver uma compreensão histórica, articulando a região com o restante do país e as “realidades” do passado e do presente. Uma das formas de se conectar o Núcleo de Pesquisa em História Regional com a comunidade é através da organização de acervos de documentos da história da Pelotas.
Auxiliar na promoção da cidadania, o que implica ações onde o conhecimento é o meio pelo qual os sujeitos envolvidos reconhecem-se, percebem-se e assumem a luta pela defesa de seus direitos e de suas identidades.