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A abundância de água doce presente na Lagoa Mirim é a origem da riqueza da Bacia em termos econômicos e termos ambientais: ampla disponibilidade de água em termos de quantidade, regime e qualidade, sendo a base para agricultura, silvicultura, pecuária, pesca, aquicultura, turismo, entre outros serviços em ambos os países. Uma articulação mais forte entre os governos do Uruguai e do Brasil é necessária para uma gestão territorial eficaz da bacia, levando em consideração a legislação nacional e os compromissos internacionais assumidos por ambos os países, o que aumentará a complexidade de uma gestão integrada e descentralizada das interfaces institucionais. Por meio do TDA e do SAP, esta articulação facilitará a harmonização de estratégias, integrará programas de desenvolvimento e financiamento, melhorando mecanismos de colaboração e cooperação entre instituições na mitigação de problemas atuais e futuros, como a mudança climática, poluição, desenvolvimento urbano, migração rural-urbana, pressão sobre áreas costeiras e de banhado, embora de forma equitativa beneficiando os diversos usuários de água e a população da bacia a curto e longo prazo.
Hidrodinâmica - As abundantes águas doces da Bacia constituem um ecossistema fechado, com comunicação muito limitada para o exterior através do Canal São Gonçalo. A contribuição da água dos afluentes da Lagoa (30.000 m3s-1) é muito maior que o fluxo em direção à Laguna dos Patos através do Canal São Gonçalo (4.000 m3s-1), permitindo a lagoa Mirim funcionar como um grande reservatório de água doce. A hidrodinâmica da Lagoa é controlada pela descarga de seus afluentes, que determina o volume da água, e pelo vento, que controla a evaporação e a circulação da água. A conexão com a Lagoa dos Patos, e os fluxos reversos no Canal São Gonçalo representam elementos de fragilidade para os recursos hídricos.
Ecossistemas e Biodiversidade - Os ecossistemas da bacia também são importantes para sua biodiversidade e conservação por causa das várias paisagens e ecologias, nomeadamente: (1) áreas costeiras atlânticas e lagoas costeiras atrás da duna costeira cinturão em ambos os países - eles são separados do oceano embora conectados com ele de forma intermitente; (2) paisagens planas e pântanos associados às lagoas, florestas e planícies biodiversas; (3) área de Mata Atlântica no extremo norte a leste do setor brasileiro e as florestas tropicais densamente vegetadas e áreas de banhado associados a rios que inundam a cada temporada no setor uruguaio; (4) extensas paisagens pastagens onduladas caracterizadas por um tapete de gramíneas curtas com manchas ou corredores de outras ecologias, como áreas de banhado ou bosques sazonais e (5) as montanhas fortemente onduladas e planaltos com declives que variam de 5% a 30%, caracterizados por colinas arborizadas e afloramentos rochosos, vales e estreitos
desfiladeiros.
As zonas de banhado são muito importantes devido à diversidade da flora e da fauna e ao habitat que fornecem para a fauna migratória de espécies. Da mesma forma, são reguladores naturais do escoamento dos rios, amortecendo de enchentes, promovendo a recarga dos aquíferos, contribuindo para a melhoria da qualidade da água, e de valor sociocultural, pela sua destacada beleza cênica e paisagística, entre outros serviços ecossistêmicos.

A metodologia do projeto é através da gestão integrada dos recursos hídricos da bacia, que é um processo que promove a gestão coordenada da água, da terra e recursos relacionados pelos dois países, a fim de alcançar um equilíbrio entre os ecossistemas da bacia e seu uso social e econômico pelas comunidades. Como é uma bacia transfronteiriça, sua gestão requer acordos binacionais que incluem (i) acordos de curto e longo prazo e planejamento entre setores e todas as partes interessadas (sociais, técnicas e políticas); (ii) acordos, financiamento, ênfase na subsidiariedade, capacidades de governança e gestão de instituições/organizações locais (fóruns de bacias, consórcios e associações); (iii) implementação de processos de pesquisa-ação e tecnologias apropriadas com base em conhecimento; e (iv) resolução de conflitos sociais sobre o acesso e posse dos recursos naturais.
Nessas bacias transfronteiriças, a cooperação regional é um instrumento essencial para a gestão da água, que está cada vez mais evidente ao se considerar fatores relacionados à qualidade e quantidade da água, e com foco nos diferentes usos e distribuição deste recurso.
A governança participativa, incluindo uma ampla gama de atores, é uma condição básica para a gestão eficaz da bacia. A gestão dos recursos deve garantir a preservação dos ecossistemas, considerando os impactos adversos do ser humano nas atividades voltadas ao meio ambiente e com foco no uso sustentável do recurso. Esta abordagem é uma estratégia para o sistema integrado de gestão do solo, água e recursos vivos que promova a conservação e uso sustentável dos recursos para manter serviços de ecossistemas. As comunidades locais e seus meios de subsistência estarão no centro da gestão e proteção de decisões para garantir que os benefícios sejam gerados de maneira equitativa. Nesse sentido, a preservação dos ecossistemas e da gestão sustentável da água e da terra, por meio de uma abordagem de gestão de risco da água, incluindo a variabilidade climática e mudança, é essencial para uma gestão integrada da água na bacia.
Com isso, a metodologia principal deste projeto é a partir de ações como projetar e endossar o SAP por meio de um processo participativo binacional. O SAP será composto por uma série de procedimentos, acordos e estratégias de cooperação entre os dois países, e incluirão os múltiplos setores que dependem de bacias compartilhadas (agricultura irrigada, pecuária, saneamento, turismo, navegação). O projeto busca fortalecer a capacidade de gestão integrada das bacias hidrográficas locais e regionais e institucionalizar coordenação transfronteiriça através de 4 componentes.
Componente 1: Análise de diagnóstico transfronteiriço (TDA) da bacia hidrográfica Mirim-São Gonçalo e do rio Jaguarão;
Componente 2: Desenho de um Programa de Ação Estratégica (SAP) para a bacia hidrográfica Mirim-São Gonçalo e rio Jaguarão;
Componente 3: Implementação do Plano de Ação Estratégica (SAP);
Componente 4: Monitoramento, comunicação e avaliação do projeto.

Dentre os resultados esperados com este projeto, destacam-se:
Resultado 1.1 - Principais problemas ambientais transfronteiriços identificados e acordados por ambos os países na Lagoa Mirim e Rio Jaguarão, incluindo causas, motivadores e impactos: A Análise Diagnóstica Transfronteiriça (TDA) será baseada em mecanismos de governança aberta, aproveitando o quadro institucional existente para promover cooperação entre as diferentes áreas de interesse da bacia e do rio Jaguarão. O diagnóstico de cada país será examinado e integrado a bacia a partir de uma perspectiva abrangente de recursos hídricos, incluindo regulamentação, gestão, clima, geomorfologia, hidrologia, aspectos sociais, econômicos, ecológicos, culturais (produção local, turismo, antropologia), usos da água e impactos na bacia. Isso é essencial para o desenvolvimento de mecanismos para promover a coesão social entre as sociedades brasileira e uruguaia da Bacia Mirim-São Gonçalo e bacia do rio Jaguarão e região.
Resultado 2.1 - O mecanismo de cooperação existente (Comissão Conjunta para o Desenvolvimento da Lagoa Mirim-São Gonçalo) e órgãos nacionais participativos (Comissão da Bacia da Laguna Merín no Uruguai e da Lagoa Mirim-São Gonçalo no Brasil) são fortalecidos para permitir a cooperação regional integrada e eficaz e a gestão da Lagoa e rio Jaguarão: Com este resultado, o projeto fortalecerá a segurança hídrica e a sustentabilidade ambiental e capacidades de previsão na lagoa Mirim, rio Jaguarão e lagoas costeiras associadas por meio de estruturas e mecanismos para cooperação transfronteiriça e intercâmbio de informações.
Resultado 2.2 - Implementação de mecanismos para decisões conjuntas sob uma gestão integrada de recursos hídricos (IWRM): Sob este resultado, mecanismos de tomada de decisão serão estabelecidos para aumentar a capacidade e recursos de informação relevantes para os objetivos e programas de gestão da bacia binacional.
Resultado 2.3 - SAP assinado e aprovado a nível ministerial: Com base no TDA e ampla participação pública, os Estados chegarão a um acordo abrangente por meio de um Plano de Ação Estratégico para a gestão da bacia.
Resultado 3.1 - Benefícios da gestão integrada da bacia demonstrada como na primeira fase do SAP através da implementação de projetos-piloto: Os países resolvem empreender ações conjuntas apoiadas por testes de campo – abordagem sustentável, políticas, práticas, tecnologias e inovações, e monitoramento de impactos (ambientais, sociais e econômicos), compartilhando resultados e experiências e recomendando soluções. Os pilotos vão garantir maior sustentabilidade de gestão da água, desde a captação e retenção da água da chuva no solo até um uso eficiente e saudável da água, tratamento e reutilização, bem como capacitação e resolução de questões binacionais. O trabalho será realizado por equipes conjuntas, o mais distante possível. Os pilotos irão considerar os resultados da Estratégia de Integração de Gênero para promover, quando possível, medidas de igualdade de gênero na implementação dos pilotos.
Resultado 4.1 - Partes interessadas relevantes no projeto terão aprendido sobre os benefícios das atividades piloto e da gestão integrada da bacia: De acordo com este resultado, benefícios globais e locais serão gerados através do intercâmbio e disseminação de experiências do projeto e lições aprendidas.
Resultado 4.2 - O programa de M&A é desenvolvido e implementado: Um programa será implementado para monitorar e avaliar o progresso feito pelos governos nacionais e outras partes interessadas, por meio de indicadores específicos irão medir o cumprimento dos objetivos e o acompanhamento orçamentário. Isso incluirá dados desagregados por gênero, conforme apropriado.
Resultado 4.3 - Conhecimento compartilhado entre Brasil, Uruguai, outros países e projetos GEF IW em parceria com IW LEARN: Com este resultado, o projeto estabelecerá um site do projeto seguindo os padrões IW LEARN. Além disso, as informações geradas serão integradas aos respectivos portais utilizados pelos governos nacionais e regionais para a divulgação de informações ambientais. Os governos nacionais e as agências envolvidas divulgarão as realizações do projeto em reuniões e publicações técnicas.