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El Programa de Posgrado en Agronomía (PPGA) de la Facultad de Agronomía Eliseu Maciel inició sus actividades en 1973, bajo el nombre de Programa de Posgrado en Fruticultura de Clima Templado. Posteriormente, se juntaron a él los Programas de Posgrado (PPGs) de Fitomejoramiento y Producción Vegetal, formando el PPG Agronomía en 1985. Varios PPGs han tenido su embrión en el PPGA, tales como el PPG en Ciencia y Tecnología de Semillas, el PPG en Fitosanidad, el PPG en Sistemas de Producción Agrícola Familiar y el PPG Manejo y Conservación del Suelo y del Agua. Este último se ha originado del área de concentración en Suelos, que todavía pertenece al PPGA, pero que se encuentra en extinción. Actualmente, las dos principales Áreas de Concentración con Doctorado y Maestría son la de Fitomejoramiento y la de Fruticultura de Clima Templado. A lo largo de los años, el PPGA ha contribuido para la capacitación de profesionales en Agronomía en el ejercicio de actividades en sectores públicos y privados.

Las actividades del área de concentración en Fruticultura están centradas en las culturas del duraznero, del manzano y del peral, con especial atención a la ecofisiología y al manejo de esas culturas. También se realizan trabajos envolviendo la investigación en cultura de tejidos y el desarrollo de nuevas formas de cultivo con base tecnológica avanzada.

El área de Fitomejoramiento centra sus actividades en las culturas de arroz, avena, trigo, papas, durazno, frutales nativos, calabazas, y pimientas. Estudios envolviendo la caracterización de germoplasma, selección de genotipos e iniciativas de genómica y transcriptómica son el punto central de los trabajos desarrollados, en los cuales se observa constantemente una fuerte interacción de las herramientas de la biotecnología y del mejoramiento. Respuestas a estreses abióticos, especialmente aquellos causados por factores de suelo, son caracterizadas por medio del fenotipaje y del genotipaje de individuos.